A természetvédők szerint a növényekből előállított üzemanyagok többet ártanak a környezetnek, mint használnak. Felmerül a kérdés miszerint kőolajat használva jobban járunk, mint alkohollal vagy biodízellel?
A drámai állításokat egy tanulmány tis megfogalmazza, amelyet európai környezetvédő szervezetek rendeltek meg.
Az előzetes tervek szerint 9,5%-ra kellene emelni a bioüzemanyagok használatának mennyiségét, amelynek a 90%-át élelmiszernövények feldolgozásából kivánájk fedezni. Erre alapozva a tanulmány azt állítja, hogy a következő 10 évben Belgium nagyságú ország területének kétszeresét kellene Európában művelésbe fogni, és ezt a területet csupán ugyanennyi erdő kiirtásával lehet felszabadítani. Ez esetben azonban drámai módon veszik el az erdők légtisztító hatása, ami az elemzés szerint olyan mértékben növeli az üvegházhatást okozó gázok kibocsátását, mintha legalább 12 millió darabbal nőne az autók száma Európában.
A tanulmány foglalkozik emellett a természetes ökoszisztémák veszélyeztetettségére is, sőt, az élelmiszernövények ilyen módon történő felhasználása esetén az afrikai éhezők számának várható növekedésére is. Ezért az elemzés hátterében álló szervezetek a bioüzemanyagokkal kapcsolatos tervek felülvizsgálatára kérik az EU vezetőit.