Több eredmény is alátámasztotta a hatékonyabb második generáció kikísérletezését, az egyik ok az első generáció energianövényeinek hatalmas vízigénye volt.
Az amerikai termelési átlagon alapuló elsődleges adatok azt mutatták, hogy 1 liter kukoricából előállított etanol 263-784 liter vizet igényel. Ezeket az eredményeket pontosították a Minnesotai egyetem kutatói, rámutatva, hogy a vízhasználat a termesztés során területenként változik, ennek megfelelően 5 és 2138 liter között ingadozik 1 gallon bioetanol előállításához szükséges vízmennyiség. Például Ohio, Iowa, és Kentucky állam területén kevesebb öntözést igényelnek az energianövények, míg Nebraska, Kolorádó és Kalifornia földjein a nyert bioüzemanyaghoz képest óriási a felhasznált víz mértéke, a legnagyobb fogyasztók akár 600 milliárd liter vizet fordítanak az előállításra.
Az adatok az összes folyamatot számba veszik, ahol a vízre szükség van, tartalmazzák az öntözéshez, a forraláshoz, az erjesztéshez és a desztilláláshoz alkalmazott mennyiséget. A kiszámolt adatok alapján szemléltető ábrán is bemutatták az államok etanolhoz csatolt vízigényét.
A második generációt képviselő cellulóz-etanol és az algából előállított biodízel adatai pedig nem kielégítőek. A jelenleg rendelkezésre álló, kis mennyiségű előállításnál kiszámolt adatok alapján nem állapítható meg, hogy kereskedelmi mennyiség termelésekor, mennyi vizet igényelnek a folyamatok, illetve milyen hatással lesznek ezek a vízminőségre, mekkora mennyiség gyártható a víz és talaj károsítása nélkül. A cellulóz-etanol finomítási mutatói 3 gallon víz/ 1 gallon cellulóz-etanol. A korábbi eredményekhez képest csökkent a felhasznált víz mennyisége, azonban ipari méretű finomítás esetén már nem biztos, hogy ez tartható. Az algákból előállított biodízel mutatói még kevésbé ismertek. Bár gyengébb minőségű víz használható a termesztés során, a teljes folyamat vízre vonatkozó mennyiségi és minőségi adatai nem kumulatívak.
A nagy kérdőjelek nem csupán a szükséges vízre vonatkoznak, nincs adat a műtrágya és növényvédőszer használatáról illetve az előállított bioüzemanyag minőségéről és energiatartalmáról sem.