Eddig már számos érv és ellenérv látott napvilágot, hogy kell vagy sem a bioüzemanyag. Azonban még a legelvakultabb „hívők” is elismerik, vannak a bioüzemanyagnak hátrányai is.
Az egyik legelkötelezettebb – neve elhallgatását kérő – autós újságíró is elismerte, hiába élharcosa az ügynek, tudja jól, hogy még számos gyermekbetegséggel küzd itthon a bioüzemanyagra való átállás. Elsőként említette a többletfogyasztást, hiszen az átalakítás után akár 25-35 százalékkal is többet „eszik” az autó. Ez elsősorban az időjáráson és a vezetési stíluson múlik, de legtöbbször anyagilag szinte ugyanott van az ember, mint ha sima benzint tankolt volna. Európában hiába hazánk a második legnagyobb az egy főre jutó E85-öt is árusító benzinkutak számában Svédország után, a bioüzemanyag tulajdonképpen így is drága. Emellett vannak autók – elsősorban a Skoda és a Volkswagen, amelynél az átalakítás után az üzemanyag-pumpa tönkremehet. Ennek kicserélése szintén nem két fillérbe kerül. arról nem is beszélve, hogy mivel jelenleg nincs szabályozva az átalakítás, így egy műszaki vizsgán akár meg is buktathatják az átalakított kocsival érkezőket. Szintén gondot jelent, hogy hivatalosan nincs is ilyen jármű, hiszen hazánkban jelenleg ezek az autók benzinesnek vannak bejegyezve, így semmilyen kedvezményt nem tudnak igénybe venni, míg például Svédországban még parkolási kedvezmény is jár a bioüzemanyaggal hajtott járműveknek.